第二步骤 放置同夥与移动平底船
这个阶段有三个同夥放置回合，每个同夥放置回合后有一个平底船移动回合。在第一个同夥放置回合之后，执行第一个平底船移动回合，依此类推。
在三人游戏中，有四个同夥放置回合与三个平底船移动回合：
在第一个同夥放置回合之后，执行第二个同夥放置回合。接著开始第一个平底船移动回合。在此之后，回合的交替顺序与四位玩家的游戏相同。
放置同夥：
由海港负责人开始，每位玩家按照顺时针方向，依序将一个同夥放在任何一个空的同夥空格，并将该空格标示的金额付给海港的钱箱（例外：保险，详见下面介绍）。
在任何时候，玩家在轮到他时可以选择自我克制而不放置同夥。然而，当玩家决定这麼做时，他在这个航程不能再放置任何同夥。
例外：如果玩家没有钱，也无法贷款，他可以免费额外放置同伙，这位同伙视为“盲目的旅客”。（详见盲目的旅客部分）
要将同伙放在哪里？
玩家可以将同伙部署在以下的位置
说明(1张)
货仓（在平底船上）（下面红圈 三条船向前推合计9格 一条船最多5格）
对人参，丝绸，以及肉豆蔻，船上有三个同伙空格，而对於玉，船上有四个同伙空格。
当一位玩家想将同伙放在三个货仓之一时，他应该选择该货仓中最低价的空的空格。每位玩家可以将多位同伙安置在同一艘船上，只要船上还有可供放置的空间。
这个行动的目标：在可以抵达目的地港口的船上部署同伙，因此玩家可以分享利润。（详见第三阶段：利润分配）
这个行动的风险：如果选择的平底船无法抵达目的地港口，就分不到利润，玩家在同伙身上付出的投资得不到回报。
港口（左上浅蓝色圈）与修船场（右上粉红圈）的空格
在每个港口与修船场的空格，有一个同伙的空格。除了放置平底船之外，玩家可以在尚有空间的港口或修船场空间部署他们的同伙。如同平底船上的货仓空间，玩家可以部署多位同伙在港口与修船场的空格，只要轮到他时还有空格。
这个行动的目标：在可以抵达目的地港口的船上部署同伙，因此玩家可以分享利润。（详见第三阶段：利润分配）
这个行动的风险：如果没有平底船抵达被选择的港口，玩家在同伙身上付出的投资得不到回报。
海盗空格（左边绿圈）
海盗船上有两个同伙空格。第一个使用海盗空格的同伙占据第一格，成为海盗船的船长。如果船长的空格被占据，玩家将他的同伙放在第二格。一位玩家可以在两格空格安排同伙。
这个行动的目标：如果平底船在第二次移动停留在第１３格，海盗可以上船。如果平底船在第三次移动停留在第１３格，海盗可以掠夺平底船。（详见海盗来了部份）
这个行动的风险：如果没有平底船抵达第１３格，玩家在同伙身上付出的投资得不到回报。
领航员空格（左边黄圈）
领航员岛上面有两个同伙空格。当第一个玩家选择将同伙放在这两个空格之一时，他可以选择较大的（比较贵，但是得到的回报较佳）或是较小的空间。
这个行动的目标：在第三次平底船移动回合之前，领航员有一次机会帮助或阻碍尚未抵达港口的平底船。在第三回合之前已经抵达港口的平底船不受领航员的影响。（详见：领航员如何 执行任务部分）
这个行动的风险：行动的影响力无法达成预期的目标。
保险（右边白圈）
保险办事处有一个同伙空间。玩家可以将他的同伙放在这里，不用负担任何费用，但是立即从港口的钱箱得到１０元披索。
这个行动的目标：如果在三个平底船移动回合后，没有平底船抵达修船场，玩家得到１０元披索的保险理赔金。
这个行动的风险：对於每一艘抵达码头的平底船，保险仲介者必须付出维修费用。此外，保险仲介者需将理赔金付给该空格上的同伙。（详见：保险理赔部分）
移动回合结束：
海港负责人掷三颗骰子，每一颗骰子的颜色对应上船的货仓。接著他依照任何顺序移动三艘平底船，沿著它的航道前进骰子的点数。
当平底船抵达目的地港口，且还有剩馀的点数，这些点数被忽略不计。除此之外，海港负责人不能选择忽略平底船的移动点数。
每艘平底船只能在自己的航道移动，不允许改变航道。平底船不能丢弃或改变货仓。
成功的航程
每艘通过第１３个空格的平底船，抵达马尼拉的目的地港口。
第一艘抵达马尼拉的平底船放在港口空格Ａ，第二艘放在Ｂ，第三艘放在Ｃ。没有港口空格可以容纳２艘平底船。
船难
在三次移动回合之后未能抵达马尼拉的平底船，船只受损而必须进入修船场。（例外：在第三回合停留在第１３格的平底船被海盗俘获，详见海盗来了部分）
如果只有一艘船未能抵达马尼拉且未被海盗俘获，则停在修船场空格Ａ。如果有第二艘船，则停留在修船场空格Ｂ。如果所有平底船都未能抵达马尼拉且未被海盗俘获，则最后一艘停留 在Ｃ。没有修船场空格可以容纳２艘平底船。
注：在第三个移动回合之前的这一刻，领航员有机会影响平底船的移动（详见领航员如何执行任务部分）
海盗来了
当平底船在移动回合结束时停留在第１３个空格，海盗攻击平底船。如果当平底船抵达第１３个空格时，当时海盗船上没有海盗，则平底船不会遭受攻击。
平底船在第二次或是第三次移动回合结束时可能停留在第１３个空格。接著，依照平底船何时抵达，海盗有两种行动：
ａ）平底船在第二个移动回合以后抵达空格１３，海盗将登船。
ｂ）平底船在第三个移动回合以后抵达空格１３，海盗将劫掠船只。
不是在移动回合结束时抵达空格１３的平底船，例如经由领航员的影响，不会受到海盗的攻击。（详见领航员如何执行任务部分）
ａ）海盗登船
如果选择登船，玩家将他的海盗移至平底船上的空格。如果平底船上没有空格，海盗无法登船。
海盗船长（在海盗船前面的那位）可以先登船。在船长登船（或选择不登船）之后，第二位海盗可以登船。是否登船由每位海盗依序决定。每位海盗可以选择留在海盗船上，以期待稍后的劫掠（详见劫掠部分）。
当海盗船长登上平底船，第二位海盗立刻成为海盗船长，移动至海盗船的前面位置。如果在第二个移动回合结束时，有多艘平底船停留在第１３个空格，海盗可以选择登上哪一艘平底船，但是只能登上有空位的船。
注：玩家可以改用规则中最后部份的变体规则增强海盗的威力
ｂ）劫掠船只
每艘在第三回合结束时抵达空格１３的平底船，落入海盗之手：
所有在平底船上的同伙被移出船只，交还给他们的玩家。
海盗从海港的钱箱中得到每艘被劫掠的船的收入（详见利润分配部份）
现在，海盗船长个别决定每艘平底船停在港口或是修船场。如果他决定将平底船停在港口，被劫掠的货物提升价值。（详见价值提升部份）
当平底船在第三次移动回合结束时停留在第１３格，且海盗船上没有海盗，这艘船停留在下一个港口空间。
领航员如何执行任务
在最后一个同伙放置回合之后（在最后一个平底船移动回合之前），领航员可以利用他们的影响力移动平底船。领航员无法影响已经抵达马尼拉的平底船。
小领航员（放在２元披索的空格的）先执行。他可以将一艘平底船向前或向后移动一格
接著，轮到大领航员（放在５元披索的空格的）。他可以将其中一艘平底船移动两格或是将两艘平底船各移动一格。他个别决定每一艘船前进或是后退。他可以决定是否移动小领航员移动过的船只。
当领航员将船移动通过第１３个空格，平底船抵达目的地港口，他将平底船放置於下一个港口空格
当领航员将船移动至第１３个空格，没有事情发生（海盗只在移动回合结束时进行攻击）。
海港负责人在给予领航员执行行动的机会之后，才能执行第三次移动回合。
每位领航员独立决定他是否使用他的影响力。举例，小领航员可以放弃他的影响力，而大领航员可以使用他的影响力。
当所有平底船在第三回合移动完毕，且所有平底船都开进港口或是修船场，开始分配利润。
